Выше уже был приведен приблизительный перечень органов и систем, которые можно исследовать методом МРТ. Такой широкий спектр органов и тканей позволяет с успехом применять данную методику невропатологам, травматологам, терапевтам, гинекологам и прочим интернистам. Особенно часто МРТ делают в случаях, когда заподозрены органические поражения вещества и сосудистой сети головного мозга.  В связи с тем, что жалобы на боль в спине занимают одну из лидирующих позиций среди прочих обращений к специалистам различного профиля, невропатологи часто требуют сделать МРТ для визуализации состояния дисков позвонков, выявления межпозвонковых грыж, а также наличия компрессии корешков спинномозговых нервов.

Среди онкологов метод также пользуется большим уважением, так как с его помощью можно подтвердить наличие или отсутствие опухолевого процесса, дать оценку его распространенности, а также выявить метастатические поражения других органов (чаще всего печени, лимфатических узлов). Особо онкологи ценят то, что МРТ можно сделать много раз и без побочных последствий для больного. Для получения более качественных снимков врачи-радиологи применяют контраст, который вводится в присутствии врача внутривенно. Наиболее часто врачи просят сделать МРТ исследования следующих органов и систем: головного мозга (а также гипофиза) и его сосудистой сети, придаточных пазух носа, позвоночного столба, крупных и мелких суставов, органов расположенных в брюшной полости (печени, селезенки, поджелудочная железа), забрюшинном пространстве (почки и надпочечники), а также в малом тазу (матка с придатками, предстательная железа и мочевой пузырь), сосудистой патологии (центральные и периферические сосуды).

К сожалению, метод МРТ совершенно не подходит для верификации наличия костной патологии любого типа (переломы, опухоли, метастатические поражения), здесь можно сделать рентгенологические исследования или методы компьютерной томографии, а также состояния органов, содержащих большое количество воздуха (желудок, кишечник). Если у специалиста возникает подозрение на локализацию патологического процесса именно в этих органах, то пациент можно направить к врачу-эндоскописту, который при помощи различных приборов осмотрит их состояние. К числу органов, трудно поддающихся визуализации методом МРТ (делать обычно не имеет смысла), относится сердце, легкие, так как постоянное движение сводит практически на нет результативность изображения. Однако специальные методики исследования этих органов все-таки существуют и при острой необходимости есть несколько центров, где можно сделать МРТ.

Для людей с избыточным весом, часто непросто найти центр, где можно сделать МРТ. Следует помнить, что если вес пациента превышает 120-135 кг., а длина окружности живота 115-120 см., то в проведении процедуры может быть отказано по причине того, что стол аппарата, который является подвижным может быть поврежден, а расстояние от стола до магнитной катушки не позволяет исследовать пациентов с большими габаритами. Однако в нашей сети есть диагностические центры где можно сделать МРТ пациентам с большим весом, а именно до 150 кг. и окружностью живота до 140 см.